由良 敬 (ユラ ケイ)

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所属

理工学術院 先進理工学部

職名

教授(任期付)

ホームページ

http://www-p.sci.ocha.ac.jp/yuralab/

兼担 【 表示 / 非表示

  • 理工学術院   大学院先進理工学研究科

  • 附属機関・学校   グローバルエデュケーションセンター

学内研究所等 【 表示 / 非表示

  • 2020年
    -
    2022年

    理工学術院総合研究所   兼任研究員

学歴 【 表示 / 非表示

  •  
    -
    1993年

    名古屋大学   理学研究科   生物学  

  •  
    -
    1993年

    名古屋大学   Graduate School, Division of Natural Science  

  •  
    -
    1988年

    早稲田大学   理工学部   応用物理学  

  •  
    -
    1988年

    早稲田大学   Faculty of Science and Engineering  

学位 【 表示 / 非表示

  • 名古屋大学   博士(理学)

  • 早稲田大学   理学修士

経歴 【 表示 / 非表示

  • 2019年05月
    -
    継続中

    お茶の水女子大学   研究・産学連携本部 研究推進部 【教育研究部門】 文理融合AI・データサイエンスセンター   副センター長

  • 2017年04月
    -
    継続中

    早稲田大学   先進理工学部   教授

  • 2017年04月
    -
    継続中

    早稲田大学   先進理工学部   教授

  • 2016年04月
    -
    2019年03月

    お茶の水女子大学   学長   学長補佐

  •  
     
     

    早稲田大学 理工学術院

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所属学協会 【 表示 / 非表示

  •  
     
     

    米国生物物理学会

  •  
     
     

    日本生化学会

  •  
     
     

    日本蛋白質科学会

  •  
     
     

    日本遺伝学会

  •  
     
     

    日本分子生物学会

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研究分野 【 表示 / 非表示

  • 生物物理学

  • システムゲノム科学

  • ゲノム生物学

  • 生命、健康、医療情報学

研究キーワード 【 表示 / 非表示

  • 生物物理学

  • 計算生物学

論文 【 表示 / 非表示

  • A novel circular ssDNA virus of the phylum Cressdnaviricota discovered in metagenomic data from otter clams (Lutraria rhynchaena)

    Oanh T. P. Kim, Yuki Kagaya, Hoang S. Tran, Ryuhei Minei, Trang T. H. Tran, Ha T. T. Duong, Binh T. N. Le, Lua T. Dang, Kengo Kinoshita, Atsushi Ogura, Kei Yura

    Archives of Virology   165 ( 12 ) 2921 - 2926  2020年12月

    DOI

  • Genomic and Transcriptomic Analyses of Bioluminescence Genes in the Enope Squid Watasenia scintillans

    Masa-aki Yoshida, Junichi Imoto, Yuri Kawai, Satomi Funahashi, Ryuhei Minei, Yuki Akizuki, Atsushi Ogura, Kazuhiko Nakabayashi, Kei Yura, Kazuho Ikeo

    Marine Biotechnology   22 ( 6 ) 760 - 771  2020年12月

     概要を見る

    <jats:title>Abstract</jats:title><jats:p><jats:italic>Watasenia scintillans</jats:italic>, a sparkling enope squid, has bioluminescence organs to illuminate its body with its own luciferase activity. To clarify the molecular mechanism underlying its scintillation, we analysed high-throughput sequencing data acquired previously and obtained draft genome sequences accomplished with comparative genomic data among the cephalopods. The genome mapped by transcriptome data showed that (1) RNA editing contributed to transcriptome variation of lineage specific genes, such as <jats:italic>W. scintillans</jats:italic> luciferase, and (2) two types of luciferase enzymes were characterized with reasonable 3D models docked to a luciferin molecule. We report two different types of luciferase in one organism and possibly related to variety of colour types in the <jats:italic>W. scintillans</jats:italic> fluorescent organs.</jats:p>

    DOI

  • High-precision multiclass cell classification by supervised machine learning on lectin microarray data

    Mayu Shibata, Kohji Okamura, Kei Yura, Akihiro Umezawa

    Regenerative Therapy   15   195 - 201  2020年12月

    DOI

  • Past, Present and Future of Ewha-JWU-Ochanomizu Joint Symposium

    Kei Yura

    Natural Science Report, Ochanomizu University    2020年09月  [国内誌]

  • Knowledge and attitude of hereditary breast cancer among Japanese university female students

    Hiroko Terui-Kohbata, Makiko Egawa, Kei Yura, Masayuki Yoshida

    Journal of Human Genetics   65   591 - 599  2020年07月  [査読有り]

    DOI

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書籍等出版物 【 表示 / 非表示

  • ニューバイオフィジックス 2 遺伝子の構造生物学(共著)

    共立出版  1998年

  • Helix-turn-helix module distribution and module shuffling.(共著)

    Tracing Biological Evolution in Protein and Gene Structures  1995年

  • Module Structure and Function of Glutamyl-tRNA Synthetase.(共著)

    Tracing Biological Evolution in Protein and Gene Structures  1995年

  • Some remark on protein folding(共著)

    Protein Structural Analysis, Folding and Design  1990年

Misc 【 表示 / 非表示

  • ヒトおよびアカゲザルCpGアイランドプロモータの配列比較解析

    青砥 早希, 伏見 麻由, 由良 敬, 岡村 浩司

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)    2016年  [査読有り]

    研究発表ペーパー・要旨(全国大会,その他学術会議)  

  • TafazzinトランスアシラーゼドメインにおけるBarth症候群関連変異と選択的スプライシングの構造および機能に対する影響

    土方 敦司, 由良 敬, 小原 收, 郷 通子

    日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集   88回・38回   [4T18p - 03(3P1259)]  2015年12月

  • 陸上植物オルガネラのRNA編集の役割

    由良 敬, 郷 通子

    生物物理   49 ( 5 ) 244 - 245  2009年09月

    DOI CiNii

  • 理論計算+生命情報学で初めて見いだされた機能性残基―DNA 補修酵素の場合―

    倭 剛久, 西岡 宏任, 由良 敬

    生物物理   49 ( 4 ) 196 - 197  2009年  [招待有り]

    記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)  

  • ダイニン微小管結合部位の構造と機能

    加藤 有介, 八木 俊樹, 大木 進野, 由良 敬, 清水 洋輔, 本田 真也, 神谷 律, 田之倉 優

    バイオイメージング   17 ( 2 ) 98 - 99  2008年10月

    CiNii

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共同研究・競争的資金等の研究課題 【 表示 / 非表示

  • 低分解能生体分子像からの原子構造構築技法

    研究期間:

    2005年
    -
    2007年
     

     概要を見る

    電子顕微鏡による一分子測定像から原子座標構造を構築する技術開発とその実データへの適用。超分子を構成するサブユニットの立体構造は、X線結晶解析により単独で決定されている場合が多くなっているので、それらの原子座標を適確に電子顕微鏡像にあてはめる方法の開発研究。具体的には、サブユニットのホモロジーモデリング、サブユニット間界面の予測、3次元像のあてはめ、あてはめ構造の最適化などバイオインフォマティクスや分子動力学シミュレーション研究とその適用。

  • DNA損傷修復関連タンパク質の構造と機能

    研究期間:

    2002年
    -
     
     

     概要を見る

    ゲノム塩基配列から新規DNA修復関連タンパク質を見いだす計算生物学と実験の共同研究

  • ゲノムからの蛋白質 構造 機能予測

    研究期間:

    2001年
    -
     
     

  • 蛋白質分子の構造, 機能及び進化

    研究期間:

    1990年
    -
     
     

  • Structure, function and evolution of protein

特定課題研究 【 表示 / 非表示

  • 創薬等のプロジェクトを支援するヒトゲノムアノテーションデータベースの開発

    2018年   鈴木博文

     概要を見る

    薬物などの低分子を細胞外に排出するATP-binding cassette (ABC)輸送体は、ヒトゲノムに48種類存在する。これらの遺伝子の一塩基置換が多数報告されており、疾患の原因になる場合も知られている。しかし、疾患につながる置換とつながらない置換に、明確な違いが見いだせていない。ABC輸送体の立体構造データと変異データとをつないだところ、疾患につながる変異は、ABC輸送体の機能的構造変化の要となる部分に存在する場合があることがわかった。これら以外の部位に存在する変異が、どのような機構で疾患につながるかは未知だが、今回のデータ連結によって疾患につながる一つの機構を見いだすことができた。

  • オミックスデータ融合による細胞内生体高分子の時空間構造再構築

    2018年  

     概要を見る

    肺炎レンサ球菌は、呼吸器系感染症などの原因バクテリアであり、その増殖を抑える低分子が開発されている。SCNはその一つであるが、SCNが低濃度の場合は効き目がない。SCNが低濃度投与された際に、各遺伝子がどのように発現するのかを調べたビッグデータを取得し、オミックスデータの融合を試みた。その結果、SCN投与後から5分までの間に、二次代謝産物生合成系の遺伝子発現は増加していることがわかった。そして、15分後には薬剤排出の遺伝子も活発に発現することがわかった。低濃度のSCNでは、薬剤代謝に関係する遺伝子の発現を抑えきれず、むしろ薬物防御機構が活性化されていることがわかった。

  • オミックスデータの融合による生体高分子の細胞内時空間構造の再構築

    2017年  

     概要を見る

    オミックスデータが豊富に得られているバクテリアであるStreptococcus pneumoniaeをモデルケースとした。ゲノム塩基配列、遺伝子領域、転写因子と転写制御を受ける遺伝子の関係、およびタンパク質の相互作用解析結果が公開されている。これらのデータ全体を、ゲノム情報を軸として接続することができた。データを接続した結果、既知転写因子のみでは転写のネットワークが閉じていないことが明らかになり、つまり未知転写因子が存在することがわかった。また既知転写因子の中で、CcpAが一番多くの遺伝子制御に関わっており、またSpxが一番多くのタンパク質と相互作用することがわかった。

  • RNAはどのような三次元構造でタンパク質と相互作用するのか

    2017年  

     概要を見る

    当該研究では、RNAとタンパク質の複合体構造を推定する方法の開発をめざして、まずRNA構造の特徴抽出を行った。2017年8月現在の生体高分子立体構造データベース(PDB)には、RNA分子単独の立体構造が1327件、タンパク質との複合体が2002件存在することがわかった。RNA分子単独の立体構造において、鎖の順番に現れるリン原子が空間的にどのように分布するかを、10Åを閾値として自己相関を調べたところ、20塩基ごとに何らかのまとまった構造を形成していることがわかった。このことは、RNAの立体構造推定において、20塩基程度の立体構造推定を行い、そのブロックを組み合わせればよいことを示唆する。

 

現在担当している科目 【 表示 / 非表示

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委員歴 【 表示 / 非表示

  • 2019年10月
    -
    2020年10月

    日本生物物理学会  2020年会実行委員会副委員長

  • 2011年01月
    -
    2012年12月

    日本生物物理学会  副会長

  • 2007年
    -
     

    日本生物物理学会  運営委員