YURA, Kei

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Affiliation

Faculty of Science and Engineering, School of Advanced Science and Engineering

Job title

Professor(without tenure)

Homepage URL

http://www-p.sci.ocha.ac.jp/yuralab/

Concurrent Post 【 display / non-display

  • Faculty of Science and Engineering   Graduate School of Advanced Science and Engineering

  • Affiliated organization   Global Education Center

Research Institute 【 display / non-display

  • 2020
    -
    2022

    理工学術院総合研究所   兼任研究員

Education 【 display / non-display

  •  
    -
    1993

    Nagoya University  

  •  
    -
    1993

    Nagoya University   Graduate School, Division of Natural Science  

  •  
    -
    1988

    Waseda University   School of Science and Engineering  

  •  
    -
    1988

    Waseda University   Faculty of Science and Engineering  

Degree 【 display / non-display

  • Waseda University   (BLANK)

  • Nagoya University   (BLANK)

Research Experience 【 display / non-display

  • 2019.05
    -
    Now

    Ochanomizu University   Headquarters for Research and Innovation, Research Advancement Division, Education and Research Department Center for Interdisciplinary AI and Data Science   Vice Director

  • 2017.04
    -
    Now

    Waseda University   School of Advanced Science and Engineering   Professor

  • 2016.04
    -
    2019.03

    Ochanomizu University   President

  •  
     
     

    Waseda University Faculty of Science and Engineering

  •  
     
     

    Ochanomizu University Graduate School of Humanities and Sciences   Professor

Professional Memberships 【 display / non-display

  •  
     
     

    米国生物物理学会

  •  
     
     

    日本生化学会

  •  
     
     

    日本蛋白質科学会

  •  
     
     

    日本遺伝学会

  •  
     
     

    日本分子生物学会

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Research Areas 【 display / non-display

  • Biophysics

  • System genome science

  • Genome biology

  • Life, health and medical informatics

Research Interests 【 display / non-display

  • Biophysics

  • Computational biology

Papers 【 display / non-display

  • 昆虫を活用した新たな食料生産システムの構築

    由良 敬, 鈴木丈詞, 渡邉崇人, 小倉 淳, 朝日 透, 生田和正, 霜田政美, 森岡伸介, 佐藤秀一, 中村龍平

    JATAFFジャーナル   9 ( 6 ) 14 - 19  2021.06

  • Regulatory properties of vitronectin and its glycosylation in collagen fibril formation and collagen degrading enzyme cathepsin K activity

    Kimie Date, Hiromi Sakagami, Kei Yura

    Scientific Reports   11   12023  2021.06  [Refereed]

  • Multiple Mutations in RNA Polymerase β-Subunit Gene (rpoB) in Streptomyces incarnatus NRRL8089 Enhance Production of Antiviral Antibiotic Sinefungin: Modeling rif Cluster Region by Density Functional Theory

    Saori Ogawa, Hitomi Shimidzu, Koji Fukuda, Naoki Tsunekawa, Toshiyuki Hirano, Fumitoshi Sato, Kei Yura, Tomohisa Hasunuma, Kozo Ochi, Michio Yamamoto, Wataru, Sakamoto, Kentaro Hashimoto, Hiroyuki Ogata, Tadayoshi Kanao, Michiko Nemoto, Kenji Inagaki, Takashi Tamura

    Bioscience, Biotechnology and Biochemistry   85 ( 5 ) 1275 - 1282  2021.05  [Refereed]

  • Complete Genome Sequences of Thermus thermophilus Strains HB5002 and HB5008, Isolated from Mine Hot Spring in Japan

    Kentaro Miyazaki, Toshiyuki Moriya, Natsuko Tokito, Tairo Oshima, Kei Yura, Yoshitaka Bessho

    Microbiology Resource Announcements   10   e00272-21  2021.04  [Refereed]

  • SAP130 and CSN1 interact and regulate male gametogenesis in Arabidopsis thaliana

    Shiori S. Aki, Kei Yura, Takashi Aoyama, Tomohiko Tsuge

    Journal of Plant Research   134 ( 2 ) 279 - 289  2021.03  [Refereed]

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Books and Other Publications 【 display / non-display

  • ニューバイオフィジックス 2 遺伝子の構造生物学(共著)

    共立出版  1998

  • Helix-turn-helix module distribution and module shuffling.(共著)

    Tracing Biological Evolution in Protein and Gene Structures  1995

  • Module Structure and Function of Glutamyl-tRNA Synthetase.(共著)

    Tracing Biological Evolution in Protein and Gene Structures  1995

  • Some remark on protein folding(共著)

    Protein Structural Analysis, Folding and Design  1990

Misc 【 display / non-display

  • タイワンエンマコオロギのゲノム全塩基配列解読:大量生産に向けた高効率品種改良技術の幕開け

    片岡孝介, 嶺井隆平, 井手圭吾, 井手圭吾, 小倉淳, 竹山春子, 竹山春子, 竹田真木生, 鈴木丈詞, 由良敬, 由良敬, 由良敬, 朝日透

    日本応用動物昆虫学会大会講演要旨   64th  2020

    J-GLOBAL

  • Engineering microbial rhodopsin without retinal-binding lysine to gain photosensitive function

    YAMAUCHI Yumeka, KONNO Masae, YAMADA Daichi, YAMADA Daichi, YURA Kei, YURA Kei, INOUE Keiichi, INOUE Keiichi, BEJA Oded, KANDORI Hideki

    生物物理(Web)   59 ( Supplement 1-2 )  2019

    J-GLOBAL

  • Comparative analysis of CpG island promoters between the human and rhesus monkey genomes

    Saki Auto, Mayu Fushimi, Kei Yura, Kohji Okamura

       2016  [Refereed]

    Research paper, summary (national, other academic conference)  

  • TafazzinトランスアシラーゼドメインにおけるBarth症候群関連変異と選択的スプライシングの構造および機能に対する影響

    土方 敦司, 由良 敬, 小原 收, 郷 通子

    日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集   88回・38回   [4T18p - 03(3P1259)]  2015.12

  • 陸上植物オルガネラのRNA編集の役割

    由良 敬, 郷 通子

    生物物理   49 ( 5 ) 244 - 245  2009.09

    DOI CiNii

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Research Projects 【 display / non-display

  • 低分解能生体分子像からの原子構造構築技法

    Project Year :

    2005
    -
    2007
     

     View Summary

    電子顕微鏡による一分子測定像から原子座標構造を構築する技術開発とその実データへの適用。超分子を構成するサブユニットの立体構造は、X線結晶解析により単独で決定されている場合が多くなっているので、それらの原子座標を適確に電子顕微鏡像にあてはめる方法の開発研究。具体的には、サブユニットのホモロジーモデリング、サブユニット間界面の予測、3次元像のあてはめ、あてはめ構造の最適化などバイオインフォマティクスや分子動力学シミュレーション研究とその適用。

  • DNA損傷修復関連タンパク質の構造と機能

    Project Year :

    2002
    -
     
     

     View Summary

    ゲノム塩基配列から新規DNA修復関連タンパク質を見いだす計算生物学と実験の共同研究

  • ゲノムからの蛋白質 構造 機能予測

    Project Year :

    2001
    -
     
     

  • 蛋白質分子の構造, 機能及び進化

    Project Year :

    1990
    -
     
     

  • Structure, function and evolution of protein

Specific Research 【 display / non-display

  • 創薬等のプロジェクトを支援するヒトゲノムアノテーションデータベースの開発

    2018   鈴木博文

     View Summary

    薬物などの低分子を細胞外に排出するATP-binding cassette (ABC)輸送体は、ヒトゲノムに48種類存在する。これらの遺伝子の一塩基置換が多数報告されており、疾患の原因になる場合も知られている。しかし、疾患につながる置換とつながらない置換に、明確な違いが見いだせていない。ABC輸送体の立体構造データと変異データとをつないだところ、疾患につながる変異は、ABC輸送体の機能的構造変化の要となる部分に存在する場合があることがわかった。これら以外の部位に存在する変異が、どのような機構で疾患につながるかは未知だが、今回のデータ連結によって疾患につながる一つの機構を見いだすことができた。

  • オミックスデータ融合による細胞内生体高分子の時空間構造再構築

    2018  

     View Summary

    肺炎レンサ球菌は、呼吸器系感染症などの原因バクテリアであり、その増殖を抑える低分子が開発されている。SCNはその一つであるが、SCNが低濃度の場合は効き目がない。SCNが低濃度投与された際に、各遺伝子がどのように発現するのかを調べたビッグデータを取得し、オミックスデータの融合を試みた。その結果、SCN投与後から5分までの間に、二次代謝産物生合成系の遺伝子発現は増加していることがわかった。そして、15分後には薬剤排出の遺伝子も活発に発現することがわかった。低濃度のSCNでは、薬剤代謝に関係する遺伝子の発現を抑えきれず、むしろ薬物防御機構が活性化されていることがわかった。

  • オミックスデータの融合による生体高分子の細胞内時空間構造の再構築

    2017  

     View Summary

    オミックスデータが豊富に得られているバクテリアであるStreptococcus pneumoniaeをモデルケースとした。ゲノム塩基配列、遺伝子領域、転写因子と転写制御を受ける遺伝子の関係、およびタンパク質の相互作用解析結果が公開されている。これらのデータ全体を、ゲノム情報を軸として接続することができた。データを接続した結果、既知転写因子のみでは転写のネットワークが閉じていないことが明らかになり、つまり未知転写因子が存在することがわかった。また既知転写因子の中で、CcpAが一番多くの遺伝子制御に関わっており、またSpxが一番多くのタンパク質と相互作用することがわかった。

  • RNAはどのような三次元構造でタンパク質と相互作用するのか

    2017  

     View Summary

    当該研究では、RNAとタンパク質の複合体構造を推定する方法の開発をめざして、まずRNA構造の特徴抽出を行った。2017年8月現在の生体高分子立体構造データベース(PDB)には、RNA分子単独の立体構造が1327件、タンパク質との複合体が2002件存在することがわかった。RNA分子単独の立体構造において、鎖の順番に現れるリン原子が空間的にどのように分布するかを、10Åを閾値として自己相関を調べたところ、20塩基ごとに何らかのまとまった構造を形成していることがわかった。このことは、RNAの立体構造推定において、20塩基程度の立体構造推定を行い、そのブロックを組み合わせればよいことを示唆する。

 

Syllabus 【 display / non-display

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Committee Memberships 【 display / non-display

  • 2019.10
    -
    2020.10

    日本生物物理学会  2020年会実行委員会副委員長

  • 2011.01
    -
    2012.12

    The Biophysical Society of Japan  vice president

  • 2007
    -
     

    日本生物物理学会  運営委員