Updated on 2026/04/13

写真a

 
NAKATSUKA, Kanata
 
Affiliation
Faculty of Science and Engineering, School of Advanced Science and Engineering
Job title
Research Associate
Degree
Master of Engineering ( 2025.03 Waseda University )
Homepage URL
https://sem-tsuneda.w.waseda.jp/english/index.html

Research Experience

  • 2025.06
    -
    Now

    Waseda University   Comprehensive Research Organization (Phage Therapy Institute)   Researcher

  • 2025.04
    -
    Now

    Waseda University   Faculty of Science and Engineering   Research Associate

  • 2023.10
    -
    2025.03

    Waseda University   Comprehensive Research Organization (Phage Therapy Institute)   Research Assistant

  • 2023.04
    -
    2024.09

    The Jikei University School of Medicine   Natural Sciences (Chemistry Laboratory)   Part-time Research Associate

Education Background

  • 2025.04
    -
    Now

    Waseda University   Graduate School of Advanced Science and Engineering   Department of Life Science and Medical Bioscience  

  • 2023.04
    -
    2025.03

    Waseda University   Graduate School of Advanced Science and Engineering   Department of Life Science and Medical Bioscience  

  • 2019.04
    -
    2023.03

    Waseda University   School of Advanced Science and Engineering   Department of Life Science and Medical Bioscience  

Committee Memberships

  • 2025.04
    -
    Now

    Japanese Junior Researchers Association for Phage  Secretariat

  • 2024.09
    -
    2025.11

    Japanese Junior Researchers Association for Phage  Organiser

  • 2024.03
    -
    2024.09

    Japanese Junior Researchers Association for Phage  Organiser

Professional Memberships

  • 2024.01
    -
    Now

    Japanese Society for Bacteriology

  • 2023.09
    -
    Now

    Japanese Junior Researchers Association for Phage

  • 2022.11
    -
    Now

    Japanese Society for Phage Therapy

Research Areas

  • Bacteriology   Bacteriophage

Research Interests

  • Escherichia coli

  • Outer Membrane Protein

  • Antimicrobial Resistant Bacteria

  • Phage Therapy

  • Bacteriophage

Awards

  • Best presentation award

    2026.03   The 99th Annual Meeting of Japanese Society for Bacteriology   Polymorphisms in Multiple Loop Regions of E. coli OmpC Coordinately Regulate Phage

    Winner： Kanata Nakatsuka, Tomoyoshi Kaneko, Yuichi Otsuka, Yoshifumi Aiba, Longzhu Cui, Kazuhiko Miyanaga, Yasunori Tanji, Satoshi Tsuneda

 

Papers

  • Phage Cocktails: State-of-the-Art Technologies and Strategies for Effective Design.

    Tomoyoshi Kaneko, Kanata Nakatsuka, Satoshi Tsuneda

    FEMS Microbiology Reviews    2025.12  [Refereed]  [International journal]

    　View Summary

    With the growing severity of antimicrobial resistance (AMR), phage therapy has garnered attention as a novel therapeutic alternative. In particular, phage cocktails, which combine multiple phages, potentially offer broader antimicrobial spectra than single-phage applications and may suppress the emergence of resistant bacteria. This comprehensive review systematically examines cutting-edge technologies and effective strategies for designing phage cocktails. Special attention was given to the combination of phages recognizing different receptors, designs based on phage-bacteria infection network analysis, and synergistic effects with antibiotics. Additionally, the analysis of large-scale clinical studies has identified challenges in practical implementation, including ensuring cocktail stability and addressing immune responses. These insights are expected to contribute to the design of more effective phage cocktails and the establishment of novel therapeutic strategies to address AMR.

    DOI PubMed

Presentations

  • Collection and Evaluation of Lytic Activity of Bacteriophages Targeting LPS in E. coli

    Akari Chiba, Kanata Nakatsuka, Tomoyoshi Kaneko, Kazuhiko Miyanaga, Satoshi Tsuneda

    The 99th Annual Meeting of Japanese Society for Bacteriology 

    Presentation date： 2026.03

    Event date：
    2026.03
    　
    　

  • Polymorphisms in Multiple Loop Regions of E. coli OmpC Coordinately Regulate Phage

    Kanata Nakatsuka, Tomoyoshi Kaneko, Yuichi Otsuka, Yoshifumi Aiba, Longzhu Cui, Kazuhiko Miyanaga, Yasunori Tanji, Satoshi Tsuneda

    The 99th Annual Meeting of Japanese Society for Bacteriology 

    Presentation date： 2026.03

    Event date：
    2026.03
    　
    　

  • Construction of A Phage Library Targeting Outer Membrane Proteins of E. coli ST131

    Kento Habe, Kanata Nakatsuka, Tomoyoshi Kaneko, Satoshi Tsuneda

    The 99th Annual Meeting of Japanese Society for Bacteriology 

    Presentation date： 2026.03

    Event date：
    2026.03
    　
    　

  • 大腸菌外膜タンパク質OmpCを標的とするファージの宿主域の評価と宿主認識機構の解明

    中塚哉太, 金子知義, 相羽由詞, 宮永一彦, 崔龍洙, 丹治保典, 常田聡

    日本ファージ若手会 第3回若手研究集会 

    Presentation date： 2025.11

    Event date：
    2025.11
    　
    　

  • ファージ療法のタイプ別の特徴と技術的課題

    Satoshi Tsuneda, Tomoyoshi Kaneko, Kanata Nakatsuka

    第40回 日本環境感染学会総会・学術集会 

    Presentation date： 2025.07

    Event date：
    2025.07
    　
    　

  • Isolation of Phages Targeting Outer Membrane Protein of Escherichia coli Pandemic Clone ST131

    Kento Habe, Kanata Nakatsuka, Tomoyoshi Kaneko, Satoshi Tsuneda

    The 98th Annual Meeting of Japanese Society for Bacteriology 

    Presentation date： 2025.05

    Event date：
    2025.05
    　
    　

  • 大腸菌ST131の外膜タンパク質を標的とするファージの探索

    Kento Habe, Kanata Nakatsuka, Tomoyoshi Kaneko, Satoshi Tsuneda

    Presentation date： 2024.09

    Event date：
    2024.09
    　
    　

  • 大腸菌外膜タンパク質OmpCのアミノ酸配列差異がファージ感受性へ及ぼす影響の評価

    Kanata Nakatsuka, Tomoyoshi Kaneko, Riho Morikawa, Yoshifumi Aiba, Kazuhiko Miyanaga, Longzhu Cui, Yasunori Tanji, Satoshi Tsuneda

    Presentation date： 2024.09

    Event date：
    2024.09
    　
    　

  • 大腸菌ST131の外膜タンパク質を標的とするファージの探索

    Kento Habe, Kanata Nakatsuka, Tomoyoshi Kaneko, Satoshi Tsuneda

    Presentation date： 2024.09

    Event date：
    2024.09
    　
    　

  • 大腸菌外膜タンパク質OmpCのアミノ酸配列差異がファージ感受性へ及ぼす影響の評価

    Kanata Nakatsuka, Tomoyoshi Kaneko, Riho Morikawa, Yoshifumi Aiba, Kazuhiko Miyanaga, Longzhu Cui, Yasunori Tanji, Satoshi Tsuneda

    Presentation date： 2024.09

    Event date：
    2024.09
    　
    　

  • Proposal of Phage Therapy Based on Amino Acid Sequences of Escherichia coli Outer Membrane Protein C

    Kanata Nakatsuka, Tomoyoshi Kaneko, Riho Morikawa, Yoshifumi Aiba, Kazuhiko Miyanaga, Longzhu Cui, Yasunori Tanji, Satoshi Tsuneda  [Invited]

    Presentation date： 2024.08

    Event date：
    2024.08
    　
    　

  • Proposal of Phage Therapy Based on Amino Acid Sequences of Escherichia coli Outer Membrane Protein C

    Kanata Nakatsuka, Tomoyoshi Kaneko, Riho Morikawa, Yoshifumi Aiba, Kazuhiko Miyanaga, Longzhu Cui, Yasunori Tanji, Satoshi Tsuneda

    Presentation date： 2024.08

    Event date：
    2024.08
    　
    　

  • Novel Strategy for Phage Therapy Based on Amino-Acid Sequence Homology of Escherichia coli Outer Membrane Protein C

    Kanata Nakatsuka, Tomoyoshi Kaneko, Riho Morikawa, Yoshifumi Aiba, Kazuhiko Miyanaga, Longzhu Cui, Yasunori Tanji, Satoshi Tsuneda

    ISVM Viruses of Microbes 2024 

    Presentation date： 2024.07

    Event date：
    2024.07
    　
    　

  • ⼤腸菌臨床分離株の外膜タンパク質OmpCの遺伝⼦型に基づいたファージセラピー戦略

    Kanata Nakatsuka, Riho Morikawa, Tomoyoshi Kaneko, Yoshifumi Aiba, Kazuhiko Miyanaga, Longzhu Cui, Yasunori Tanji, Satoshi Tsuneda

    Presentation date： 2023.09

    Event date：
    2023.09
    　
    　

  • 大腸菌外膜タンパク質OmpCに着目した広域性ファージカクテルの選択基準提案と調査

    Kanata Nakatsuka, Riho Morikawa, Tomoyoshi Kaneko, Yoshifumi Aiba, Kazuhiko Miyanaga, Longzhu Cui, Yasunori Tanji, Satoshi Tsuneda

    Presentation date： 2023.09

    Event date：
    2023.09
    　
    　

  • 大腸菌外膜タンパク質OmpCを標的としたファージカクテルの作製と溶菌域評価

    Kanata Nakatsuka, Riho Morikawa, Tomoyoshi Kaneko, Kazuhiko Miyanaga, Yasunori Tanji, Satoshi Tsuneda

    Presentation date： 2023.08

    Event date：
    2023.08
    　
    　

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Research Projects

  • 細菌外膜分子を標的とした広域かつ効果的なファージ製剤の開発

    日本学術振興会  科学研究費助成事業

    Project Year :

    2025.07
    -
    2027.03
     

    中塚 哉太

Misc

  • Isolation of Phages Targeting Outer Membrane Protein of Escherichia coli Pandemic Clone ST131

    波部賢人, 中塚哉太, 金子知義, 常田聡, 金子知義, 常田聡

    日本細菌学雑誌(Web)   80 ( 2 )  2025

    J-GLOBAL

  • ファージ療法のタイプ別の特徴と技術的課題

    常田聡, 金子知義, 中塚哉太

    日本環境感染学会総会・学術集会(Web)   40th  2025

    J-GLOBAL

  • Proposal of Phage Therapy Based on Amino Acid Sequences of Escherichia coli Outer Membrane Protein C

    中塚哉太, 森川莉帆, 金子知義, 相羽由詞, 宮永一彦, 崔龍洙, 丹治保典, 常田聡

    日本細菌学雑誌(Web)   79 ( 2 )  2024

    J-GLOBAL

 

Teaching Experience

  • Laboratory for Advanced Science and Engineering 2B

    Waseda University  

    2025.09
    -
    Now
     

  • Laboratory for Advanced Science and Engineering 1A

    Waseda University  

    2025.04
    -
    Now
     

  • Basic Life Science Experiment (Chemistry)

    The Jikei University School of Medicine  

    2023.04
    -
    2024.09
     

  • Fundamental Bioscience Laboratory Ⅰ

    Waseda University  

    2022.04
    -
    2024.07
     

 

Internal Special Research Projects

  • 病原大腸菌の外膜タンパク質を標的とする高効率なファージ療法の開発

    2025  

    　View Summary

    大腸菌Sequence Type 131（ST131）は，尿路感染症や菌血症の主要な起炎菌として世界的に蔓延する多剤耐性クローンである。薬剤耐性菌に対する代替治療として注目されるファージ療法においては，ファージの宿主域の狭さと細菌のファージ耐性化が大きな課題となっている。本研究では，大腸菌ST131株間で高度に保存された外膜タンパク質（Outer membrane protein: OMP）を標的とし，それらを組み合わせることで，広域なST131臨床分離株に有効なファージ製剤の開発を目指した。まず，ST131臨床分離株205株を対象に，主要なファージ受容体であるOMPのアミノ酸配列解析を行い，12種類のOMPについて高い配列保存性を確認した。次に，保存性が特に高い各OMPをそれぞれ標的として認識するファージを都市下水からスクリーニングし，ST131臨床分離株に対して広域な溶菌活性を示すファージを取得してライブラリーを構築した。そして，構築したファージライブラリーの有効性を検証するため，経時的な細菌増殖抑制を評価した。異なるOMPを標的とするファージを2つ組み合わせたカクテル試験を行い，ST131株に対する増殖抑制効果を評価した結果，相乗的な殺菌効果を示す組み合わせが認められた。また，使用するファージの種類および組み合わせによって抑制効果が異なる傾向も明らかとなり，有効なカクテル設計には組み合わせの最適化が重要であることが示唆された。以上の結果から，配列保存性の高いOMPを標的とする戦略が，広い宿主域の確保と耐性化抑制を両立するファージ製剤の設計に有効であることが示された。今後は，残るOMPに対するファージの取得を進め，より広域かつ耐性化を抑制したファージ製剤の最適化を図るほか，世界的に蔓延する他のST型に対してもファージライブラリーを構築する予定である。