兼担
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理工学術院 大学院基幹理工学研究科
2022/07/02 更新
私はもともと人間の生活や社会の根源に関わる基礎研究の世界に憧れて医学部に進み,卒業後の数年間は臨床医として大学病院等で勤務していたのですが,学生時代から様々なデータ解析に携わったおかげでデータから情報を抽出する技術の重要性を強く認識していたため,データ解析の方法論をつくる数理の研究者として生命科学に貢献する道を選びました.
私の研究は,数理科学・情報科学・統計科学・生命科学のいずれとも密接に関係しますが,あえて分類するとしたら,私の専門分野はグラフやネットワークに関する諸問題を扱う離散数学(組合せ論,グラフ理論,離散幾何学,離散アルゴリズム)です.生物学的に重要な課題を見出して数学の言葉で定式化し,その問題を明快に解決する新しい定理やアルゴリズムを生み出すという研究のスタンスに,自分らしさがあると思っています.
現在は,系統樹や系統ネットワークの推定にまつわる系統学の理論研究に軸足を置き,離散数学・統計学・生物学の融合領域を積極的に開拓しています.このような研究の成果は,細胞の分化,動物や植物の進化,ウイルスの変異など,医学的にも重要な多くの現象の解明につながると期待されています.
(▷ 教育・アウトリーチ活動にも力を入れています.詳しくは,早稲田大学早水桃子研究室のYouTubeチャンネルをご覧ください.)
理工学術院 大学院基幹理工学研究科
データ科学センター 兼任センター員
理工学術院総合研究所 兼任研究員
総合研究大学院大学 複合科学研究科 統計科学専攻
東京大学 医学部 医学科
東京大学 教養学部 理科二類
2017年03月 総合研究大学院大学 博士(統計科学)
2010年03月 東京大学 学士(医学)
早稲田大学 理工学術院 准教授
国立研究開発法人科学技術振興機構(JST) さきがけ研究者
早稲田大学 理工学術院 講師
総合研究大学院大学複合科学研究科統計科学専攻 助教
統計数理研究所 モデリング研究系 助教
国立研究開発法人科学技術振興機構(JST) さきがけ研究者
統計数理研究所 統計的機械学習研究センター リサーチ・アシスタント
統計数理研究所 統計的機械学習研究センター 技術補佐員
東京大学医学部付属病院放射線科 放射線科医
国立国際医療研究センター国府台病院 初期研修医
Society for Mathematical Biology
日本応用数理学会
日本数学会
統計科学
情報学基礎論
数学基礎
応用数学、統計数学
計算生物学
理論生物学
離散数学
Ranking top-k trees in tree-based phylogenetic networks
Momoko Hayamizu, Kazuhisa Makino
Preprint 2022年04月
担当区分:筆頭著者, 責任著者
Momoko Hayamizu
SIAM Journal on Discrete Mathematics 35 ( 4 ) 2490 - 2516 2021年01月 [査読有り]
担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者
Recognizing and realizing cactus metrics
Momoko Hayamizu, Katharina T. Huber, Vincent Moulton, Yukihiro Murakami
Information Processing Letters 157 ( 105916 ) 1 - 5 2020年05月 [査読有り] [国際誌] [国際共著]
担当区分:筆頭著者
On minimum spanning tree-like metric spaces
Momoko Hayamizu, Kenji Fukumizu
Discrete Applied Mathematics 226 51 - 57 2017年07月 [査読有り] [国際誌]
担当区分:筆頭著者, 責任著者
A Characterization of Minimum Spanning Tree-Like Metric Spaces
Momoko Hayamizu, Hiroshi Endo, Kenji Fukumizu
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (TCBB) 14 ( 2 ) 468 - 471 2017年03月 [査読有り] [国際誌]
担当区分:筆頭著者, 責任著者
On the existence of infinitely many universal tree-based networks
Momoko Hayamizu
Journal of Theoretical Biology 396 204 - 206 2016年05月 [査読有り]
担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者
Treefit - The first software for quantitative trajectory inference
Momoko Hayamizu, Kouhei Sutou, Ryohei Suzuki, Hiromi Ishii ソフトウェア
Visitor
Visiting Fellow
他の研究プロジェクトへの参画・協力
2020年度 第9回 Waseda e-Teaching Award 大賞(2021年5月17日)
2021年05月 早稲田大学 数学B1(微分積分)生医・数学B1(微分積分)建築(1)
2019年 研究部会連合発表会優秀講演賞
2019年06月 日本応用数理学会
優秀学生賞
2017年03月 統計数理研究所
アニタボルグ記念奨学金 アジア太平洋地域(APAC)
2015年07月 Google
離散数学と統計科学の融合による生命科学データ解析の技術革新
科学技術振興機構(JST) 創発的研究支援事業
研究期間:
早水桃子
離散幾何学が拓く計算系統学の新展開
科学技術振興機構 (JST) 戦略的基礎研究推進事業 さきがけ研究
研究期間:
早水 桃子
基礎医学と社会医学をつなぐ離散幾何学的モデリング
科学技術振興機構 (JST) 戦略的基礎研究推進事業 さきがけ研究
研究期間:
早水 桃子
上皮幹細胞可塑性を利用した新しい再生医療のための非侵襲的幹細胞同定法の開発
日本学術振興会 科学研究費助成事業 国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B))
研究期間:
研究代表者:難波 大輔
顔画像の特徴量変化解析の研究
民間企業からの受託研究
研究期間:
「進化系統樹の拡張版」を創出する離散数学の研究
情報・システム研究機構 未来投資型プロジェクト
研究期間:
生物系統学に関するグラフ理論と離散最適化の研究
2019年度 統計数理研究所 公募型共同利用 一般研究2
研究期間:
早水 桃子
Collaborative research on phylogenetic networks
London Mathematical Society Financial Support for in Pairs - Scheme 4 Grants
研究期間:
Katharina Huber
系統ネットワークにおける離散構造 (訪問滞在型研究計画)
京都大学数理解析研究所 RIMS共同研究(グループ型B)
研究期間:
牧野 和久
進化の系統樹と系統ネットワークに関する組合せ論
早水桃子 [招待有り]
日本数学会2022年度秋季総合分科会 応用数学分科会(特別講演) (北海道大学) 日本数学会
発表年月: 2022年09月
Treefit: a method to measure the robustness of differentiation trajectories inferred from single-cell RNA-seq data
Momoko Hayamizu [招待有り]
The 55th Annual Meeting of the Japanese Society of Developmental Biologists Symposium 4:Novel insights into cellular plasticity in development, regeneration, and aging (Kanazawa / Zoom) Japanese Society of Developmental Biologists
発表年月: 2022年06月
How to reconstruct a cell differentiation trajectory using scRNA-seq snapshot data
Momoko Hayamizu [招待有り]
The 1st International Symposium on Human InformatiX X-Dimensional Human Informatics and Biology (京都) Advanced Telecommunications Research Institute International (ATR)
発表年月: 2020年02月
Characterising fully labelled tree-like metric spaces without using the four-point condition
Momoko Hayamizu [招待有り]
mini-symposium Combinatorial Phylogenetics 1, SIAM Conference on Applied Algebraic Geometry (AG'15) (KAIST, Daejeon (Korea)) SIAM
発表年月: 2015年08月
早水桃子 [招待有り]
FRIS/TI-FRIS Life Science Seminar 東北大学・学際科学フロンティア研究所
発表年月: 2022年07月
YouTubeを本格的に活用したe-Teachingへの挑戦 「離散数学入門」
早水桃子 [招待有り]
第10回WASEDA e-Teaching Award講演会 早稲田大学
発表年月: 2022年03月
Treefit: measuring the tree-likeness of point clouds and application to the analysis of single-cell gene expression data
Momoko Hayamizu [招待有り]
Waseda International Symposium Topological Data Science, Causality, Analysis of Variance, & Time Series
発表年月: 2022年03月
シングルセルRNA-Seqデータを用いた細胞分化の軌跡推定を支える数理手法とソフトウェアの紹介
早水桃子 [招待有り]
2021年日本バイオインフォマティクス学会年会・第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021),企画セッション JSTさきがけ「数理構造活用」
発表年月: 2021年09月
Momoko Hayamizu [招待有り]
Toward an integration of fluids, ecology, and evolution in Biofluids 2021 (Zoom)
発表年月: 2021年07月
A structure theorem for tree-based phylogenetic networks: from theory to algorithms
Momoko Hayamizu [招待有り]
Waseda Cherry Blossom Workshop on Topological Data Science (Nishi-Waseda Campus, Waseda University / Zoom)
発表年月: 2021年03月
細胞分化の軌跡推定への深層学習によるアプローチ
平井 広志, 早水 桃子, 二反田 篤史
第3回JSTさきがけ数理構造活用領域会議
発表年月: 2021年02月
離散幾何学が拓く計算系統学の新展開
早水桃子
第2回JSTさきがけ数理構造活用領域会議 (Zoom)
発表年月: 2020年10月
シングルセル遺伝子発現データから細胞分化の木構造を解明するソフトウェアTreefitの開発
早水桃子 [招待有り]
統計数理セミナー 統計数理研究所
発表年月: 2020年07月
Support trees and tree-based phylogenetic networks: from theory to algorithms
Momoko Hayamizu [招待有り]
第2090回 Biological symposium (三島) 国立遺伝学研究所
発表年月: 2020年02月
早水桃子 [招待有り]
CREST・さきがけ・AIMaP合同シンポジウム「数学パワーが世界を変える2020」 (秋葉原コンベンションホール)
発表年月: 2020年02月
系統ネットワークの構造定理と全域系統樹に関する諸問題への応用
早水桃子 [招待有り]
組合せ数学セミナー (COMA SEMI) (東京大学 駒場キャンパス)
発表年月: 2019年12月
「進化」のシナリオを探る数学
早水桃子 [招待有り]
広がる数学X~第32回数学キャラバン~ (岡山大学)
発表年月: 2019年11月
次世代のデータ解析技術をつくる離散数学
早水 桃子 [招待有り]
九州大学 マス・フォア・イノベーションシンポジウム (九州大学伊都キャンパス 稲盛財団記念館 稲盛ホール) 九州大学IMI
発表年月: 2019年06月
A structure theorem for tree-based phylogenetic networks and its algorithmic applications
Momoko Hayamizu [招待有り]
Combinatorics Seminar, Institute of Mathematics, Academia Sinica (Institute of Mathematics, Academia Sinica (National Taiwan University campus)) Institute of Mathematics, Academia Sinica
発表年月: 2019年04月
Tree-based network の構造定理と系統樹推定に関する諸問題への応用
早水 桃子 [招待有り]
日本応用数理学会 2019年研究部会連合発表会 離散システム(1) (筑波大学) 日本応用数理学会
発表年月: 2019年03月
A structure theorem for tree-based phylogenetic networks and its applications
Momoko Hayamizu [招待有り]
The 17th Japan-Korea Workshop on Algebra and Combinatorics (筑波大学東京キャンパス)
発表年月: 2019年01月
二分系統ネットワークの構造定理と細分系統樹の数え上げ
早水 桃子
応用数学合同研究集会2018 (龍谷大学 瀬田キャンパス)
発表年月: 2018年12月
系統ネットワークにおけるサブディビジョンツリーの数え上げと列挙
早水 桃子 [招待有り]
RIMS Discrete Optimization Seminar (京都大学数理解析研究所) 京都大学数理解析研究所
発表年月: 2018年10月
Enumeration of phylogenetic trees inside phylogenetic networks
Momoko Hayamizu [招待有り]
The 3rd IMI-ISM-ZIB Modal Workshop on Challenges in Real World Data Analytics and High-Performance Optimization (政策研究大学院大学) 九州大学IMI, 統計数理研究所, Zuse Institute Berlin
発表年月: 2018年09月
A linear time algorithm for counting the number of support trees for a binary phylogenetic network
Momoko Hayamizu
The 22nd Annual New Zealand Phylogenomics Meeting (Portobello 2018) - The Interface of Mathematics and Biology (Portobello, New Zealand)
発表年月: 2018年02月
早水 桃子 [招待有り]
AIMaP公開シンポジウム「数学と産業の協働ケーススタディ」 (日本橋ライフサイエンスビルディング) AIMaP
発表年月: 2018年01月
A generalisation of the fundamental theorem of phylogenetics
Momoko Hayamizu
Phylomania 2017 The Ninth UTAS Theoretical Phylogenetics Meeting (University of Tasmania (Sandy Bay campus), Australia)
発表年月: 2017年12月
Discrete mathematical approaches in phylogenetics
早水 桃子 [招待有り]
位相的データ解析研究集会 (明治大学中野キャンパス)
発表年月: 2017年11月
生物系統学における離散幾何学
早水 桃子 [招待有り]
芝浦数理談話会 (芝浦工業大学大宮キャンパス)
発表年月: 2017年11月
四点条件から広がるcombinatorial phylogeneticsの世界
早水 桃子 [招待有り]
IMI Colloquium (九州大学マス・フォア・インダストリ研究所) 九州大学IMI
発表年月: 2017年10月
Universal tree-based networkとその最小サイズについて
早水桃子, 鍛冶 静雄, 山口大学大学院創成科学研究科, 藤重 悟, 京都大学数理解析研究所
日本数学会 2017年度秋季総合分科会 (山形大学)
発表年月: 2017年09月
Universal tree-based networkとその最小サイズについて
早水桃子, 鍛冶 静雄, 山口大学大学院創成科学研究科, 藤重 悟, 京都大学数理解析研究所 [招待有り]
日本応用数理学会 2017年度 年会 離散システム研究部会 (武蔵野大学有明キャンパス) 日本応用数理学会
発表年月: 2017年09月
Bounding the size of universal tree-based networks
Momoko Hayamizu
Algebraic and Combinatorial Phylogenetics (Universitat Polit_cnica de Catalunya (UPC), Barcelona)
発表年月: 2017年06月
進化系統樹の拡張をめぐる離散数学の諸問題
早水 桃子 [招待有り]
RIMS Discrete Optimization Seminar, Kyoto University (京都大学数理解析研究所) 京都大学数理解析研究所
発表年月: 2017年05月
Universal tree-based network に関する研究の最近の展開
早水 桃子 [招待有り]
組合せ数学セミナー (COMA SEMI) (東京大学駒場キャンパス)
発表年月: 2017年04月
Tree metricの拡張による進化系統樹の一般化
早水 桃子 [招待有り]
早稲田大学数学若手異分野交流会 (早稲田大学西早稲田キャンパス)
発表年月: 2017年03月
X-cactuses and cactus metrics
Momoko Hayamizu [招待有り]
Seminar, Centre for Research in Mathematics, Western Sydney University (Parramatta Campus) (Centre for Research in Mathematics, Western Sydney University (Parramatta Campus))
発表年月: 2017年03月
X-cactus trees and cactus tree metrics
Momoko Hayamizu
The 21st Annual New Zealand Phylogenomics Meeting (Waiheke 2017) - The Interface of Mathematics and Biology [abstract] (The Venue Waiheke, New Zealand)
発表年月: 2017年02月
系統学の基本定理の一般化
早水 桃子
2016年度応用数学合同研究集会 (龍谷大学 瀬田キャンパス)
発表年月: 2016年12月
距離空間と最小全域木のフィッティングの良さをはかる尺度の構築にむけて
早水 桃子 [招待有り]
日本応用数理学会 2016年度 年会 離散システム研究部会オーガナイズドセッション(1) (北九州国際会議場) 日本応用数理学会
発表年月: 2016年09月
重みなしブロックグラフが導く距離行列の余因子と行列式
早水 桃子
組合せ論サマースクール 2016 (COS2016) 未解決問題セッション (下呂市民会館)
発表年月: 2016年08月
木ではないメディアングラフが導く距離空間について
早水 桃子
組合せ論サマースクール 2016 (COS2016) 一般講演セッション (下呂市民会館)
発表年月: 2016年08月
Universal tree-based networkについて
早水 桃子 [招待有り]
グレブナー若手集会 (東海大学 湘南キャンパス)
発表年月: 2016年02月
Universal tree-based networks が無数に存在することの証明/Tree-like metric spacesの特殊化と一般化
早水 桃子 [招待有り]
組合せ数学セミナー (COMA SEMI) (東京大学駒場キャンパス)
発表年月: 2016年01月
重みつき木で表現可能な距離空間の特徴づけ
早水 桃子
日本数学会2015年度秋季総合分科会 一般講演 (応用数学分科会) (京都産業大学)
発表年月: 2015年09月
生命科学のための離散数学
早稲田大学
応用離散数学演習 A, B, C, D
早稲田大学
応用離散数学研究
早稲田大学
数学講究・応用数理講究
早稲田大学
Statistical science
The Graduate University for Advanced Studies (SOKENDAI)
Multivariable calculus
Hitotsubashi University
統計数理セミナー
総合研究大学院大学 統計科学専攻
微分積分 II
一橋大学
日本数学会 地方区代議員
教員の授業見学受入れ(対象科目:「離散数学入門」)
早稲田大学 大学総合研究センター
JST/CRDS俯瞰ワークショップ(WS)
日本評論社 社会に最先端の数学が求められるワケ(2) データ分析と数学の可能性 (座談会 数学と産業界のこれから)
早稲田大学基幹理工学部模擬授業
(早稲田実業学校高等部)
早稲田大学基幹理工学部模擬授業
(サレジオ学院高等学校)
早稲田大学基幹理工学部模擬授業
(大妻多摩高等学校)
AIMaP公開シンポジウム「数学と産業の協働ケーススタディ」パネルディスカッション
AIMaP AIMaP公開シンポジウム「数学と産業の協働ケーススタディ」
平成29年度科学人材育成事業 マスフェスタ
学生が使い慣れたICTツールの利用で、フルオンデマンド授業でも学生と教員、学生同士の緊密なコミュニケーションを実現
会誌・広報誌
執筆者: 本人以外
早稲田大学 大学総合研究センター 教育方法研究開発部門(CTLT) 第9回 WASEDA e-Teaching Award Good Practice集
2021年04月
進化の系統樹とデータ解析/ (2) 系統ネットワークの構造定理といろいろなデータ解析への応用
新聞・雑誌
執筆者: 本人
日本評論社 数学セミナー2020年2月号 通巻 700号
数理のクロスロード
2020年01月
第2回 JST数学領域 未解決問題ワークショップ(オーガナイザー・出題者)
学会・研究会等
日本応用数理学会 2017年度 年会 機械学習一般講演セッション 座長
学会・研究会等
日本応用数理学会
第1回 JST数学領域 未解決問題ワークショップ(企画立案・オーガナイザー代表・問題選定委員・出題者)
学会・研究会等
Journal of Combinatorial Optimization
査読等
Journal of Mathematical Biology
IEICE Transactions on Fundamentals of Electronics, Communications and Computer Sciences
Advances in Applied Mathematics
Algorithmica