経歴
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2018年04月-継続中
東京理科大学 理学部第一部応用化学科 講師(非常勤)
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2018年04月-継続中
早稲田大学 理工学術院総合研究所 次席研究員(研究院講師)
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2016年04月-2018年03月
早稲田大学 理工学研究所 次席研究員
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2014年06月-2016年03月
分子科学研究所 理論・計算分子科学研究領域 特任研究員
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2013年05月-2014年05月
國立交通大學 應用化學系 博士後研究員
2024/12/01 更新
東京理科大学 理学部第一部応用化学科 講師(非常勤)
早稲田大学 理工学術院総合研究所 次席研究員(研究院講師)
早稲田大学 理工学研究所 次席研究員
分子科学研究所 理論・計算分子科学研究領域 特任研究員
國立交通大學 應用化學系 博士後研究員
名古屋大学 大学院理学研究科 物質理学専攻
名古屋大学 理学部 化学科
第19回理論化学討論会 実行委員
理論化学会
日本化学会
分子シミュレーション学会
分子科学会
理論化学
量子化学
計算化学
優秀講演賞(学術)
2017年03月 日本化学会
総長顕彰(学修への取り組み)
2008年03月 名古屋大学
Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai
The Journal of Chemical Physics 158 ( 16 ) 164101 - 164101 2023年04月 [査読有り]
Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai
The Journal of Chemical Physics 158 ( 5 ) 054106 - 054106 2023年02月 [査読有り]
Divide-and-Conquer Linear-Scaling Quantum Chemical Computations
Hiromi Nakai, Masato Kobayashi, Takeshi Yoshikawa, Junji Seino, Yasuhiro Ikabata, Yoshifumi Nishimura
The Journal of Physical Chemistry A 127 ( 3 ) 589 - 618 2023年01月 [査読有り]
Hiromi Nakai, Toshiaki Takemura, Junichi Ono, Yoshifumi Nishimura
The Journal of Physical Chemistry B 125 ( 39 ) 10947 - 10963 2021年10月 [査読有り]
Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai
Chemistry Letters 50 ( 8 ) 1546 - 1550 2021年08月 [査読有り]
Is Oxygen Diffusion Faster in Bulk CeO2 or on a (111)-CeO2 Surface? A Theoretical Study
Aditya Wibawa Sakti, Chien-Pin Chou, Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai
Chemistry Letters 50 ( 4 ) 568 - 571 2021年04月 [査読有り]
Aulia Sukma Hutama, Chien-pin Chou, Yoshifumi Nishimura, Henryk A. Witek, Stephan Irle
The Journal of Physical Chemistry A 125 ( 10 ) 2184 - 2196 2021年03月 [査読有り]
Hydroxide Ion Carrier for Proton Pumps in Bacteriorhodopsin: Primary Proton Transfer
Junichi Ono, Minori Imai, Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 124 ( 39 ) 8524 - 8539 2020年10月 [査読有り]
Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai
Journal of Computational Chemistry 41 ( 19 ) 1759 - 1772 2020年07月 [査読有り] [国際誌]
Spin-flip approach within time-dependent density functional tight-binding method: Theory and applications
Mayu Inamori, Takeshi Yoshikawa, Yasuhiro Ikabata, Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai
Journal of Computational Chemistry 41 ( 16 ) 1538 - 1548 2020年03月 [査読有り]
Large-Scale Molecular Dynamics Simulation for Ground and Excited States Based on Divide-and-Conquer Long-Range Corrected Density-Functional Tight-Binding Method
Nana Komoto, Takeshi Yoshikawa, Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai
Journal of Chemical Theory and Computation 16 ( 4 ) 2369 - 2378 2020年03月 [査読有り] [国際誌]
Confined water-mediated high proton conduction in hydrophobic channel of a synthetic nanotube
Ken-ichi Otake, Kazuya Otsubo, Tokutaro Komatsu, Shun Dekura, Jared M. Taylor, Ryuichi Ikeda, Kunihisa Sugimoto, Akihiko Fujiwara, Chien-Pin Chou, Aditya Wibawa Sakti, Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai, Hiroshi Kitagawa
Nature Communications 11 ( 1 ) 843 2020年02月 [査読有り]
Recent advances in quantum‐mechanical molecular dynamics simulations of proton transfer mechanism in various water‐based environments
Aditya Wibawa Sakti, Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai
Wiley Interdisciplinary Reviews: Computational Molecular Science 10 ( 1 ) e1419 2020年01月 [査読有り]
Cover Image, Volume 10, Issue 1
Aditya W. Sakti, Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai
WIREs Computational Molecular Science 10 ( 1 ) 2020年01月 [査読有り]
GPU‐Accelerated Large‐Scale Excited‐State Simulation Based on Divide‐and‐Conquer Time‐Dependent Density‐Functional Tight‐Binding
Takeshi Yoshikawa, Nana Komoto, Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai
Journal of Computational Chemistry 40 ( 31 ) 2778 - 2786 2019年12月 [査読有り]
Sodium‐ and Potassium‐Hydrate Melts Containing Asymmetric Imide Anions for High‐Voltage Aqueous Batteries
Qifeng Zheng, Shota Miura, Kasumi Miyazaki, Seongjae Ko, Eriko Watanabe, Masaki Okoshi, Chien‐Pin Chou, Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai, Takeshi Kamiya, Tsunetoshi Honda, Jun Akikusa, Yuki Yamada, Atsuo Yamada
Angewandte Chemie 131 ( 40 ) 14340 - 14345 2019年10月 [査読有り]
分割統治型密度汎関数強束縛分子動力学(DC-DFTB-MD)法による表面反応シミュレーション:Pt(111)表面上のプロトン拡散
中井 浩巳, 西村 好史, Aditya Wibawa Sakti, Tanabat Mudchimo, 周 建斌
表面と真空 62 ( 8 ) 486 - 491 2019年08月 [査読有り]
Sodium‐ and potassium‐hydrate melts containing asymmetric imide anions for high‐voltage aqueous batteries
Qifeng Zheng, Shota Miura, Kasumi Miyazaki, Seongjae Ko, Eriko Watanabe, Masaki Okoshi, Chien-Pin Chou, Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai, Takeshi Kamiya, Tsunetoshi Honda, Jun Akikusa, Yuki Yamada, Atsuo Yamada
Angewandte Chemie International Edition 58 ( 40 ) 14202 - 14207 2019年07月 [査読有り]
D cdftbmd : Divide‐and‐Conquer Density Functional Tight‐Binding Program for Huge‐System Quantum Mechanical Molecular Dynamics Simulations
Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai
Journal of Computational Chemistry 40 ( 15 ) 1538 - 1549 2019年06月 [査読有り]
Development of Large-Scale Excited-State Calculations Based on the Divide-and-Conquer Time-Dependent Density Functional Tight-Binding Method
Nana Komoto, Takeshi Yoshikawa, Junichi Ono, Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai
Journal of Chemical Theory and Computation 15 ( 3 ) 1719 - 1727 2019年03月 [査読有り]
Development of Divide-and-Conquer Density-Functional Tight-Binding Method for Theoretical Research on Li-Ion Battery
Chien-Pin Chou, Aditya Wibawa Sakti, Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai
The Chemical Record 19 ( 4 ) 746 - 757 2018年11月 [査読有り]
Density-Functional Tight-Binding Molecular Dynamics Simulations of Excess Proton Diffusion in Ice Ih, Ice Ic, Ice III, and Melted Ice VI Phases
Aditya Wibawa Sakti, Yoshifumi Nishimura, Chien-Pin Chou, Hiromi Nakai
The Journal of Physical Chemistry A 122 ( 1 ) 33 - 40 2018年01月 [査読有り]
Rigorous pKa Estimation of Amine Species Using Density-Functional Tight-Binding-Based Metadynamics Simulations
Aditya Wibawa Sakti, Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai
Journal of Chemical Theory and Computation 14 ( 1 ) 351 - 356 2018年01月 [査読有り]
西村好史, 吉川武司, 中井浩巳
Journal of Computer Chemistry, Japan 17 ( 5 ) A21 - A27 2018年 [査読有り]
Development of density-functional tight-binding repulsive potentials for bulk zirconia using particle swarm optimization algorithm
Aulia S. Hutama, Yoshifumi Nishimura, Chien-Pin Chou, Stephan Irle
AIP Conference Proceedings 1906 ( 1 ) 030015 2017年11月 [査読有り]
Errata: Divide-and-Conquer Density-Functional Tight-Binding Molecular Dynamics Study on the Formation of Carbamate Ions during CO2 Chemical Absorption in Aqueous Amine Solution
Aditya Wibawa Sakti, Yoshifumi Nishimura, Hiroshi Sato, Hiromi Nakai
Bulletin of the Chemical Society of Japan 91 ( 2 ) 318 - 318 2017年11月 [査読有り]
Divide-and-Conquer Density-Functional Tight-Binding Molecular Dynamics Study on the Formation of Carbamate Ions during CO2 Chemical Absorption in Aqueous Amine Solution
Aditya Wibawa Sakti, Yoshifumi Nishimura, Hiroshi Sato, Hiromi Nakai
BULLETIN OF THE CHEMICAL SOCIETY OF JAPAN 90 ( 11 ) 1230 - 1235 2017年11月 [査読有り]
Quantum Chemical Estimation of Acetone Physisorption on Graphene Using Combined Basis Set and Size Extrapolation Schemes
Yoshifumi Nishimura, Takao Tsuneda, Takeshi Sato, Michio Katouda, Stephan Irle
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY C 121 ( 16 ) 8999 - 9010 2017年04月 [査読有り]
Divide-and-Conquer-Type Density-Functional Tight-Binding Simulations of Hydroxide Ion Diffusion in Bulk Water
Aditya Wibawa Sakti, Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 121 ( 6 ) 1362 - 1371 2017年02月 [査読有り]
Parallel implementation of efficient charge–charge interaction evaluation scheme in periodic divide-and-conquer density-functional tight-binding calculations
Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai
Journal of Computational Chemistry 39 ( 2 ) 105 - 116 2017年01月 [査読有り]
Three pillars for achieving quantum mechanical molecular dynamics simulations of huge systems: Divide-and-conquer, density-functional tight-binding, and massively parallel computation
Hiroaki Nishizawa, Yoshifumi Nishimura, Masato Kobayashi, Stephan Irle, Hiromi Nakai
JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY 37 ( 21 ) 1983 - 1992 2016年08月 [査読有り]
Infrared absorption spectrum of the simplest deuterated Criegee intermediate CD2OO
Yu-Hsuan Huang, Yoshifumi Nishimura, Henryk A. Witek, Yuan-Pern Lee
JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 145 ( 4 ) 044305 2016年07月 [査読有り]
Contrasting mechanisms for CO2 absorption and regeneration processes in aqueous amine solutions: Insights from density-functional tight-binding molecular dynamics simulations
Hiromi Nakai, Yoshifumi Nishimura, Takeaki Kaiho, Takahito Kubota, Hiroshi Sato
CHEMICAL PHYSICS LETTERS 647 127 - 131 2016年03月 [査読有り]
Divide-and-Conquer-Type Density-Functional Tight-Binding Molecular Dynamics Simulations of Proton Diffusion in a Bulk Water System
Hiromi Nakai, Aditya Wibawa Sakti, Yoshifumi Nishimura
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 120 ( 1 ) 217 - 221 2016年01月 [査読有り]
Automatized Parameterization of DFTB Using Particle Swarm Optimization
Chien-Pin Chou, Yoshifumi Nishimura, Chin-Chai Fan, Grzegorz Mazur, Stephan Irle, Henryk A. Witek
JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION 12 ( 1 ) 53 - 64 2016年01月 [査読有り]
Automatized Parameterization of the Density-functional Tight-binding Method. II. Two-center Integrals
Henryk A. Witek, Chien-Pin Chou, Grzegorz Mazur, Yoshifumi Nishimura, Stephan Irle, Balint Aradi, Thomas Frauenheim, Keiji Morokuma
JOURNAL OF THE CHINESE CHEMICAL SOCIETY 63 ( 1 ) 57 - 68 2016年01月 [査読有り]
Infrared identification of the Criegee intermediates syn- and anti-CH3CHOO, and their distinct conformation-dependent reactivity
Hui-Yu Lin, Yu-Hsuan Huang, Xiaohong Wang, Joel M. Bowman, Yoshifumi Nishimura, Henryk A. Witek, Yuan-Pern Lee
NATURE COMMUNICATIONS 6 7012 2015年05月 [査読有り]
Mechanism of Back Electron Transfer in an Intermolecular Photoinduced Electron Transfer Reaction: Solvent as a Charge Mediator
Sudhakar Narra, Yoshifumi Nishimura, Henryk A. Witek, Shinsuke Shigeto
CHEMPHYSCHEM 15 ( 14 ) 2945 - 2950 2014年10月 [査読有り]
Critical interpretation of CH– and OH– stretching regions for infrared spectra of methanol clusters (CH3OH)n (n = 2–5) using self-consistent-charge density functional tight-binging molecular dynamics simulations
Yoshifumi Nishimura, Yuan-Pern Lee, Stephan Irle, Henryk A. Witek
The Journal of Chemical Physics 141 ( 9 ) 094303 2014年09月 [査読有り]
Theoretical study of cellobiose hydrolysis to glucose in ionic liquids
Yoshifumi Nishimura, Daisuke Yokogawa, Stephan Irle
CHEMICAL PHYSICS LETTERS 603 7 - 12 2014年05月 [査読有り]
Growth of carbon nanotubes via twisted graphene nanoribbons
Hong En Lim, Yasumitsu Miyata, Ryo Kitaura, Yoshifumi Nishimura, Yoshio Nishimoto, Stephan Irle, Jamie H. Warner, Hiromichi Kataura, Hisanori Shinohara
NATURE COMMUNICATIONS 4 2548 2013年10月 [査読有り]
Stochastic search of molecular cluster interaction energy surfaces with coupled cluster quality prediction. The phenylacetylene dimer
Matthew A. Addicoat, Yoshifumi Nishimura, Takeshi Sato, Takao Tsuneda, Stephan Irle
Journal of Chemical Theory and Computation 9 ( 8 ) 3848 - 3854 2013年08月 [査読有り]
Dimerization-Initiated Preferential Formation of Coronene-Based Graphene Nanoribbons in Carbon Nanotubes
Miho Fujihara, Yasumitsu Miyata, Ryo Kitaura, Yoshifumi Nishimura, Cristopher Camacho, Stephan Irle, Yoko Iizumi, Toshiya Okazaki, Hisanori Shinohara
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY C 116 ( 28 ) 15141 - 15145 2012年07月 [査読有り]
Relative Isomer Abundance of Fullerenes and Carbon Nanotubes Correlates with Kinetic Stability (vol 107, 175506, 2011)
A. S. Fedorov, D. A. Fedorov, A. A. Kuzubov, P. V. Avramov, Y. Nishimura, S. Irle, Henryk A. Witek
PHYSICAL REVIEW LETTERS 108 ( 24 ) 249902 2012年06月 [査読有り]
Relative Isomer Abundance of Fullerenes and Carbon Nanotubes Correlates with Kinetic Stability
A. S. Fedorov, D. A. Fedorov, A. A. Kuzubov, P. V. Avramov, Y. Nishimura, S. Irle, Henryk A. Witek
PHYSICAL REVIEW LETTERS 107 ( 17 ) 175506 2011年10月 [査読有り]
Dramatic Reduction of IR Vibrational Cross Sections of Molecules Encapsulated in Carbon Nanotubes
Dmitry V. Kazachkin, Yoshifumi Nishimura, Henryk A. Witek, Stephan Irle, Eric Borguet
JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 133 ( 21 ) 8191 - 8198 2011年06月 [査読有り]
Temperature and pressure dependence of molecular adsorption on single wall carbon nanotubes and the existence of an “adsorption/desorption pressure gap”
Dmitry V. Kazachkin, Yoshifumi Nishimura, Stephan Irle, Xue Feng, Radisav Vidic, Eric Borguet
Carbon 48 ( 7 ) 1867 - 1875 2010年06月 [査読有り]
Interaction of acetone with single wall carbon nanotubes at cryogenic temperatures: A combined temperature programmed desorption and theoretical study
Dmitry Kazachkin, Yoshifumi Nishimura, Stephan Irle, Keiji Morokuma, Radisav D. Vidic, Eric Borguet
LANGMUIR 24 ( 15 ) 7848 - 7856 2008年08月 [査読有り]
Recent updates of DCDFTBMD program: Theory, implementation, and applications
Hiromi Nakai, Yoshifumi Nishimura [招待有り]
Asia Pacific Conference of Theoretical and Computational Chemistry (APATCC-10)
発表年月: 2023年02月
量子的分子動力学計算プログラムDCDFTBMDの開発状況と最近の応用事例
西村 好史 [招待有り]
スーパーコンピュータワークショップ2022「 複雑電子状態の理論・計算科学」
発表年月: 2023年01月
Recently added features in DCDFTBMD program
Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai [招待有り]
New Horizons in Scientific Software: THE NEW COLLABORATIVE PLATFORM GOES LIFE (NHISS2022)
発表年月: 2022年12月
Recent developments in divide-and-conquer density functional tight-binding method
Yoshifumi Nishimura, Takeshi Yoshikawa, Hiromi Nakai [招待有り]
The 2021 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies
発表年月: 2021年12月
DCDFTBMD: Divide-and-conquer density functional tight-binding program for huge-system quantum mechanical molecular dynamics simulations
Hiromi Nakai, Yoshifumi Nishimura [招待有り]
New Horizons in Scientific Software: from Legacy Codes to Modular Environments (NHISS2020)
発表年月: 2020年11月
Development of Large-scale Quantum Mechanical Molecular Dynamics Simulation: Divide-and-Conquer Density Functional Tight-binding Approach
Yoshifumi Nishimura, Aditya Wibawa Sakti, Hiromi Nakai [招待有り]
First International Workshop on Advanced Methods for Nano Materials Design – Satellite session of Nano Korea 2017 Symposium
発表年月: 2017年07月
分割統治型密度汎関数強束縛分子動力学(DC-DFTB-MD)シミュレーションの開発・応用と展望
西村 好史 [招待有り]
ポスト「京」重点課題⑤「エネルギーの高効率な創出、変換・貯蔵、利用の新規基盤技術の開発」第1回連携推進ワークショップ :触媒元素戦略研究との連携を求めて
発表年月: 2016年11月
Development of linear-scaling divide-and-conquer density-functional tight-binding program: massively parallel DC-DFTB calculations on the K computer
Yoshifumi Nishimura [招待有り]
5th International Workshop on Massively Parallel Programming Now in Quantum Chemistry and Physics – Toward Exascale Computing
発表年月: 2015年11月
CO2擬高圧場を活用したCO2還元機構の低圧駆動
日本学術振興会 科学研究費助成事業 学術変革領域研究(B)
研究期間:
織田 晃, 西村 好史
大規模量子化学計算に基づく階層的シミュレーションシステムの開発と応用
日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(C)
研究期間:
西村 好史
大規模量子分子動力学計算技術の社会実装に関する研究
早稲田大学 奨励研究
研究期間:
西村 好史
大規模励起状態ダイナミクスの開発及び光活性イエロータンパク質への実践的応用
日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(C)
研究期間:
吉川 武司, 西村 好史
光活性イエロータンパク質の光反応サイクルにおけるtrans-cis光異性化過程の量子的分子動力学シミュレーション解析
石田 賢亮, 西村 好史, 中井 浩巳
Journal of Computer Chemistry, Japan 22 ( 2 ) 9 - 11 2023年11月
バクテリオロドプシンの分子動画に基づく大規模量子分子動力学法によるプロトン移動反応の解析
小野 純一, 今井 みの莉, 西村 好史, 中井 浩巳
分子シミュレーション学会誌アンサンブル 23 ( 3 ) 171 - 175 2021年07月
記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)
DCDFTBMDプログラムの公開
西村 好史, 吉川 武司, 中井 浩巳
Journal of Computer Chemistry, Japan 17 ( 5 ) A21 - A27 2019年03月
記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)
分割統治型密度汎関数強束縛 (DC-DFTB)法に対する最近の開発と応用
西村 好史, 中井 浩巳
分子シミュレーション研究会会誌アンサンブル 20 ( 1 ) 18 - 23 2018年01月
記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)
分割統治型密度汎関数強束縛分子動力学(DC-DFTB-MD)法によるナノスケール系化学反応シミュレーション
西村 好史, 中井 浩巳
分子シミュレーション研究会会誌アンサンブル 18 ( 2 ) 95 - 101 2016年04月
記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)
分割統治型密度汎関数強束縛分子動力学 (DC-DFTB-MD)法の最近の展開
西村 好史, 海寳 丈彰, 中井 浩巳
Journal of Computer Chemistry, Japan 14 ( 3 ) 43 - 46 2015年09月
記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)
Yoshifumi Nishimura, Jun Saito, Daisuke Yokogawa, Chien-Pin Chou, Henryk A. Witek, Stephan Irle
プラズマ・核融合学会誌 89 ( 9 ) 594 - 598 2013年09月
記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)
Yoshifumi Nishimura, Henryk Witek, Stephan Irle
ECS Meeting Abstracts MA2013-01 ( 32 ) 1132 - 1132 2013年03月
Dmitry Kazachkin, Yoshifumi Nishimura, Henryk Witek, Stephan Irle, Eric Borguet
ECS Meeting Abstracts MA2012-01 ( 32 ) 1188 - 1188 2012年02月
COLL 170-Interaction of simple molecules with carbon nanotubes
Dmitry V. Kazachkin, Yoshifumi Nishimura, Nikolay Dementev, Stephan Irle, Keiji Morokuma, Radisav Vidic, Eric Borguet
ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 236 2008年08月
研究発表ペーパー・要旨(国際会議)
化学数学1
東京理科大学