大山 隆 (オオヤマ タカシ)

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所属

教育・総合科学学術院 教育学部

職名

教授

ホームページ

http://www.waseda.jp/sem-ohyama/

兼担 【 表示 / 非表示

  • 理工学術院   大学院先進理工学研究科

  • 附属機関・学校   グローバルエデュケーションセンター

学内研究所等 【 表示 / 非表示

  • 2020年
    -
    2022年

    理工学術院総合研究所   兼任研究員

学歴 【 表示 / 非表示

  • 1982年04月
    -
    1985年03月

    名古屋大学   大学院理学研究科   分子生物学  

  • 1977年04月
    -
    1979年03月

    名古屋大学   大学院  

  • 1973年04月
    -
    1977年03月

    名古屋大学  

学位 【 表示 / 非表示

  • 名古屋大学   理学博士

経歴 【 表示 / 非表示

  • 2006年
    -
    継続中

    早稲田大学教育・総合科学学術院理学科 教授

  • 2006年
    -
    継続中

    Department of Biology, Waseda University

  • 1994年
    -
    2006年

    甲南大学理工学部生物学科 助教授・教授

  • 1994年
    -
    2006年

    Department of Biology, Konan University

  • 1994年
     
     

    スイス連邦工科大学細胞生物学研究所

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所属学協会 【 表示 / 非表示

  •  
     
     

    日本分子生物学会

  •  
     
     

    日本生化学会

  •  
     
     

    米国細胞生物学会

  •  
     
     

    食虫植物研究会

 

研究分野 【 表示 / 非表示

  • 遺伝学

  • ゲノム生物学

  • 分子生物学

研究キーワード 【 表示 / 非表示

  • 自己集合・自己組織化

  • 必須金属

  • ES細胞

  • 食虫植物

  • エピジェネティクス

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論文 【 表示 / 非表示

  • Cruciform formable sequences within Pou5f1 enhancer are indispensable for mouse ES cell integrity

    Yu Yamamoto, Osamu Miura, Takashi Ohyama

    Int. J. Mol. Sci.   22   3399  2021年  [査読有り]

  • Organ-specific expression and epigenetic traits of genes encoding digestive enzymes in the lance-leaf sundew (Drosera adelae)

    Arai Naoki, Ohno Yusuke, Jumyo Shinya, Hamaji Yusuke, Ohyama Takashi

    J. Exp. Bot.   72   1946 - 1961  2020年  [査読有り]

  • A strong structural correlation between short inverted repeat sequences and the polyadenylation signal in yeast and nucleosome exclusion by these inverted repeats.

    Miura, O, Ogake, T, Yoneyama, H, Kikuchi, Y, Ohyama, T

    Curr. Genet.   65   575 - 590  2019年  [査読有り]

  • New aspects of magnesium function: A key regulator in nucleosome self-assembly, chromatin folding and phase separation.

    Ohyama, T

    Int. J. Mol. Sci.   20   4232  2019年  [査読有り]

  • Requirement or exclusion of inverted repeat sequences with cruciform-forming potential in Escherichia coli revealed by genome-wide analyses

    Osamu Miura, Toshihiro Ogake, Takashi Ohyama

    Curr. Genet.   64   1 - 14  2018年02月  [査読有り]

     概要を見る

    Inverted repeat (IR) sequences are DNA sequences that read the same from 5′ to 3′ in each strand. Some IRs can form cruciforms under the stress of negative supercoiling, and these IRs are widely found in genomes. However, their biological significance remains unclear. The aim of the current study is to explore this issue further. We constructed the first Escherichia coli genome-wide comprehensive map of IRs with cruciform-forming potential. Based on the map, we performed detailed and quantitative analyses. Here, we report that IRs with cruciform-forming potential are statistically enriched in the following five regions: the adjacent regions downstream of the stop codon-coding sites (referred to as the stop codons), on and around the positions corresponding to mRNA ends (referred to as the gene ends), ~ 20 to ~45 bp upstream of the start codon-coding sites (referred to as the start codons) within the 5′-UTR (untranslated region), ~ 25 to ~ 60 bp downstream of the start codons, and promoter regions. For the adjacent regions downstream of the stop codons and on and around the gene ends, most of the IRs with a repeat unit length of ≥ 8 bp and a spacer size of ≤ 8 bp were parts of the intrinsic terminators, regardless of the location, and presumably used for Rho-independent transcription termination. In contrast, fewer IRs were present in the small region preceding the start codons. In E. coli, IRs with cruciform-forming potential are actively placed or excluded in the regulatory regions for the initiation and termination of transcription and translation, indicating their deep involvement or influence in these processes.

    DOI

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書籍等出版物 【 表示 / 非表示

  • エピジェネティクス

    大山 隆, 東中川 徹( 担当: 共著)

    裳華房  2016年

  • Intrinsic homology-sensing and assembling property of chromatin fiber. In Bernstein, H. and Bernstein, C. (eds.)

    Nishikawa, J, Shimooka, Y, Ohyama, T

    Meiosis. InTech  2013年

  • 大山隆監修、西川一八・清水光弘編集「ベーシックマスター生化学」

    オーム社  2008年

  • Regulation of chromatin structure by curved DNA: how activator binding sites become accessible. In Nagata, K. and Takeyasu, K. (eds.), Nuclear Dynamics-Molecular Biology and Visualization of the Nucleus-.

    Springer-Verlag (Tokyo)  2007年

  • Regulation of chromatin structure by curved DNA: how activator binding sites become accessible. In Nagata, K. and Takeyasu, K. (eds.), Nuclear Dynamics-Molecular Biology and Visualization of the Nucleus-.

    Springer-Verlag (Tokyo)  2007年

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Misc 【 表示 / 非表示

  • ゲノムDNAはいかにして折り畳まれるか—DNA物性とゲノム収納—

    大山隆, 木村元, 下岡保俊

    実験医学増刊号「細胞核—遺伝情報制御と疾患」   27   2715 - 2722  2009年

    記事・総説・解説・論説等(商業誌、新聞、ウェブメディア)  

  • DNAの高次構造と物理的特性に印された遺伝情報

    大山隆

    蛋白質核酸酵素   53 ( 1 ) 1 - 11  2008年

    記事・総説・解説・論説等(商業誌、新聞、ウェブメディア)  

  • ヒストン高親和性配列が外来DNAの発現に与える影響

    福永 賢輝, 大山 隆, 原島 秀吉, 紙谷 浩之

    薬剤学 = Journal of Pharmaceutical Science and Technology, Japan   67 ( 0 )  2007年05月

    CiNii

  • Chromatin structure formed on a eukaryotic promoter activated by a left-handed superhelical bent DNA of 180 bp

    Sumida, N, Sonobe, H, Ohyama, T

    J. Adv. Sci   19 ( 1/2 ) 22 - 28  2007年

    DOI CiNii

  • Left-handedly curved DNA introduced into episomes can activate transcription in a TATA box-dependent manner

    Nishikawa, J, Fukue, Y, Ohyama, T

    Journal of Advanced Science    2005年

    DOI

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受賞 【 表示 / 非表示

  • JB論文賞 (2014)

    日本生化学会  

    受賞者: 大山 隆

共同研究・競争的資金等の研究課題 【 表示 / 非表示

  • 食虫植物の消化酵素の起源と進化:遺伝子発現様式の変更による新規形質獲得の普遍性

    基盤研究(C)

    研究期間:

    2020年04月
    -
    2023年03月
     

    大山 隆

  • リン酸基結合分子の変化によるリン吸収端構造変化とそのクロマチン可視化応用

    研究期間:

    2019年
    -
    2021年
     

    江島 丈雄

  • ヒトゲノムDNAの折り畳み原理の解明

    研究期間:

    2014年
    -
    2016年
     

    大山 隆

    担当区分: 研究代表者

  • 機能性RNAの微生物生産およびRNA発現菌の利用

    研究期間:

    2013年
    -
    2015年
     

    菊池 洋

  • 遺伝情報収納・発現・継承の時空間場

    研究期間:

    2008年
    -
    2013年
     

    平岡 秦

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講演・口頭発表等 【 表示 / 非表示

  • Novel effects of metal cations on nucleic acids, chromatin and undifferentiated state of ES cells

    大山 隆  [招待有り]

    8th Annual World Congress of Molecular & Cell Biology -Exploring life, Inspiring innovation, Creating feature-  

    発表年月: 2018年

  • 遺伝情報収納の基本原理

    大山 隆  [招待有り]

    第6回都医学研シンポジウム「DNAとゲノム:二重らせん構造を超えて」  

    発表年月: 2016年

  • DNAの物理的特性に隠された情報と機能

    大山 隆  [招待有り]

    日本分析化学会第63年会 特別シンポジウム「異分野との融合」  

    発表年月: 2014年

  • Self-organizing and self-assembling properties of chromatin fiber.

    大山 隆  [招待有り]

    1st Singapore-Japan-India Joint Symposium on Protein-DNA Interactions in Prokaryotic Nucleoid and Eukaryotic Chromatin  

    発表年月: 2013年

  • ゲノム折り畳みの基本原理と間期染色体構造(B)

    大山 隆  [招待有り]

    CREST講演会シンポジウム「光が拓く細胞解析の最前線」  

    発表年月: 2011年

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特定課題研究 【 表示 / 非表示

  • 食虫植物C. follicularisの消化酵素の起源と進化

    2020年  

     概要を見る

     フクロユキノシタ(Cephalotusfollicularis)は南西オーストラリアの1都市アルバニーの周辺にのみ自生する食虫植物であり、袋状の捕虫葉で昆虫などを捕らえ、内部に蓄えた消化液で消化して吸収する。本研究により、消化液に含まれるタンパク質群の種類が一般の植物が生体防御や周辺の有機物の分解のために用いているタンパク質群の種類と高い共通性を示すことが明らかになった。

  • RNAの自己集合能の探索

    2019年   伊藤大直

     概要を見る

     我々は、相同DNA間や相同ヌクレオソーム間で自発的な集合現象(自己集合)が起きることを世界に先駆けて見出し、報告した(Inoue et al., Biochemistry 2007; Ohyama and Nishikawa, Nucl. Acids Res. 2013)。今回、このような集合現象が、RNAの相同分子間でも起きるか否かについて検討した。具体的には、HSVd(hop stunt viroid)の低濃度水溶液を一定温度下でインキュベートして、経時的な変化が起きるか否かを原子間力顕微鏡(AFM)で観察した。興味深いことに、HSVdは、Mg2+イオンなどのカチオンを一切含まない水溶液中で自発的に集合しやすい性質を有していることが明らかになった。

  • 相同クロマチン繊維間に見られる自己集合現象の駆動原理の解明

    2018年  

     概要を見る

     我々は、相同DNA間や相同ヌクレオソーム間で自発的な集合現象(自己集合)が起きることを世界に先駆けて見出し、報告した。今回、このような集合現象が、RNAの相同分子間でも起きるか否かについて検討を始めることした。具体的には、合成DNA(転写鋳型)とT7RNAポリメラーゼを用いてPSTVd(potato spindle tuber viroid:ジャガイモやせいもウイロイド)の塩基配列に相当する数種類のRNA断片を試験管内で合成した。現在、電気泳動における各分子の挙動について、鋭意解析を進めている。

  • 相同クロマチン繊維間に見られる自己集合現象の基盤原理の解明

    2017年  

     概要を見る

     我々は、相同DNA間や相同ヌクレオソーム間で自発的な集合現象(自己集合)が起きることを世界に先駆けて見出し、報告した。これらの発見から、細胞内の相同クロマチン繊維間や相同染色体間で起きる集合・対合現象は、相同DNA間ならびに相同ヌクレオソーム間の各自己集合現象を基盤としていると推論できる。そこで我々は、各種のクロマチン繊維を人工的に作製し、水溶液中でのそれらの挙動を解析することで、上記の仮説を実証する計画である。しかし、与えられた研究費で可能な研究は限定されるので、今回は、クロマチン繊維を作製する際に用いるDNA鋳型を各種作製した。さらに、特定の領域をメチル化したDNA鋳型も作製した。

  • non-B DNAならびに特異なDNA物性に隠された機能と情報の解明

    2017年  

     概要を見る

     ゲノム上には、非B型DNAあるいは特殊DNA構造とよばれる様々なDNAが存在する。今回、cruciform DNA(十字架構造とも呼ばれる)の生物学的意義を解明する研究の一環として、大腸菌、出芽酵母ならびにマウスの各ゲノムを対象とした以下の研究を行った。大腸菌と出芽酵母の各ゲノムに関しては、十字架構造形成能を有するIR(inverted repeat)に関する全ゲノムマップを作成し、当該IRの分布に関する偏りを解明した。マウスゲノムに関しては、ES細胞のOct3/4遺伝子の上流に存在するIRをDR(direct repeat: 十字架構造形成不能)に改変した。今後、その影響について解析する。

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現在担当している科目 【 表示 / 非表示

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委員歴 【 表示 / 非表示

  •  
    -
    継続中

    日本生化学会  評議員